財政部賦稅署解釋，盈虧互抵是從虧損發生後的隔年開始計算，不管隔年是賺錢還是虧損，都是開始適用盈虧互抵的第一年。舉例來說，如果是92年發生的虧損，依原來的法令只能扣抵到97年，因修法後可溯及既往，假設企業到了97年還有扣不完的虧損，還可以再多扣五年，最長以十年為限。
企業使用盈虧互抵並沒有扣抵的上限，不論企業是要分年扣抵，或是一次把虧損扣抵完都可以，企業可以自行估算效益最高的方式。
現行企業盈虧互抵的年限只有五年，對需要投入大量資金、或研發期較長的產業不利，例如生技業和保險業通常都要投資超過十年才能獲利，因此立委羅淑蕾和侯彩鳳等21人提案，將企業虧損扣抵期限從現行的五年，改為無限制延長，最後折衷通過行政院版本，延長為十年。
財政部長李述德表示，若無限延長虧損扣抵期限，不但會產生稽徵困擾，對實際稅收也有影響，而且營所稅本來就是「有所得才課稅」，讓會計帳簿完備，使用藍色申報書或經會計師查核簽證的企業可以盈虧互抵，已經是給企業特殊優惠了，現在因為經濟環境不好，雖有延長扣抵期限的需要，但仍以最多可扣抵十年為宜。
而企業盈虧互抵延長為十年，現在由會計師查核簽證的6萬家公司、以及由公司自行使用藍色申報書申報營所稅的200多家企業將可受惠。
李述德表示，95年度企業申報虧損總額約為2,000億元，以現行營所稅率25%計算，扣抵金額約500億元，修法後因扣抵年限拉長，本來五年抵不完的虧損可以再延長五年，對稅收確實有影響，但實際稅收損失尚無法估計。
讓效用最大化》研發抵減 優先使用
會計師建議，盈虧互抵期限延長為十年後，企業應該優先適用只有五年抵減年限的投資抵減優惠，讓抵減所得的效用最大化。不過也要小心，如果公司免稅所得額很高，即使動用盈虧互抵後，可將所有應稅所得全部抵減掉，還是會有把免稅所得加計最低稅負，被課10%營所稅的風險。
安永會計師事務所會計師許祺昌指出，延長盈虧互抵年限，對企業來說是個殷切期盼的好消息，尤其是新成立的外商保險公司，因為保單第一年的收入都是給保險業務員的佣金，保險公司都得靠以後年度的固定保費才能賺錢，因此前幾年一定都是虧錢，五年一定扣抵不完，所以盈虧互抵延長為十年，保險業受益最大。
此外，研發投入時間長、獲利速度慢、折舊金額龐大的高科技產業；或是利息支出驚人的BOT案等重大工程，也都將受益。
資誠會計師事務所稅務暨法律服務部副營運長郭宗銘也說，很多新創立的高科技業都一直在燒錢，而且會連續虧損好幾年，到了剛開始賺錢的時候，可能都已經超過五年的抵減期限了。有些是前幾年獲利的金額不夠大，無法在五年的期間內完全扣抵之前的虧損金額。
郭宗銘建議，如果公司除了盈虧互抵之外，同時也適用研發投抵等租稅優惠，可以使用抵減期限比較短的研發等投抵優惠，後面幾年再使用盈虧互抵；或是看今年是何種抵減優惠先到期，再來決定使用投抵的順序。
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