縣市長選舉落幕，多項選前「時機不宜」或因立法院鬧空城而暫時擱置的重大政策也將逐步啟動，包括健保費調整案、穩健房市方案、DRAM產業再造案、開徵能源稅、以及產創條例等多項優先法案的協商等，在排除政治性因素後，行政院將陸續推動。
吳揆今年9月甫上任，就傳出財政部研擬將營業稅加徵1％，用來挹注國民年金並改善財政赤字，不過吳揆隨即喊卡，強調除非景氣明顯復甦才有可能，此後只要碰到敏感議題，都一律以「時機不宜」帶過，衛生署長楊志良在選前傳出向馬英九總統建議調漲健保費，就被藍委痛批「白目」，預料這些議題在縣市長選舉落幕後就將陸續研擬。
在健保費部分，衛生署之前已提出調高健保投保薪資上限級距等案予行政院，選後希望能將健保費的調整案也提報給行政院通過，衛生署初步試算，若要財務平衡，健保費率約由現行4.55％調升到5.13％，並認為明年春天是調漲保費的最好時機點。行政院將待衛生署將案件送到後再處理，費率和調整時間也尚未敲定。
在穩健房市方案方面，經建會主委蔡勳雄選前曾對學者建議調高非自用住宅的相關稅負表示贊成，雖然吳揆隨後滅火強調現在不是談增稅的時機，但房市除了增加供給面外，是否會在抑制房價炒作部分提出配套措施，也會在選後一併檢討。
至於立法院經濟委員會已兩度作出主決議，否決國發基金投資TIMC的「DRAM產業再造方案」，選後即將進入院會進行三讀程序，雖然經濟部長施顏祥積極尋求翻案，不過在選前藍綠立委積極助選，立法院幾乎鬧空城，加上行政院高層也在無暇了解情況下無法施力，選後行政部門將尋求黨籍立委支持，希望能及時擋下該案，讓國發基金能順利投資。
能源稅開徵部分，賦改會提出「今年規劃、明年立法、後年開徵」的建議，吳敦義也表示「最快兩年後才會開徵」，雖然無急迫性，不過因開徵前須舉辦公聽會進行政策溝通，加上立法程序和新稅開徵的預告期，相關規劃作業在明年初就應該要進行。
較棘手的營業稅加徵案及證所稅復徵案，前者主要涉及國民年金由政府提存的國保基金準備金預計至99年9月會出現不足，必須籌措長期財源，該案行政院已初步聽取過報告，將待適當時機推出；後者則無迫切需求，加上一旦有任何消息對股市的衝擊面都很大，因此短期內不會討論。
至於選前受到民進黨突顯「美國牛肉」議題呈現停滯的立法院會，在選舉激情冷卻後將回到正軌，行政院也將積極展開各項重大法案的協商，包括攸關促產條例落日後能否順利接軌的「產創條例」、以及攸關政府組織調整的「行政院組織法」等案，各部會都將會加速協調，希望儘速過關。
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