為了保障民眾使用保健食品之安全，從1999年以來，我國開放健康食品認證，截至2008年7月止，共有132件認證通過之健康食品，扣除廢證、合併之後，剩餘126件健康食品。
一、調節血脂與腸胃功能改善是熱門認證項目
在健康食品認證當中，腸胃改善功能產品以乳品類與益生菌類為主。由於乳品類、益生菌類產品市場較為成熟，消費者接受度高，廠商競爭激烈，因此藉由健康食品認證增加產品競爭力是廠商的主要訴求。
近年來高齡化、自我健康意識提升等社會變遷，調節血脂產品的需求也明顯增加。由於血脂過高被視為高血壓等心血管疾病危險因子之一，促使國人在生活上開始注重脂肪的攝取，同時也透過服用調節血脂的保健食品達到預防功效。
二、我國健康食品認證件數近年大幅增加
我國1999年開放認證，至2002年止每年認證通過件數仍低於十件。2003年起才有較明顯的成長趨勢，顯示健康食品認證的效益已逐漸發酵。其主要成長動力為免疫調節功能產品，認證通過件數自2005年一件增加至2006年五件，2007年五件，及2008年8月前的六件，代表免疫調節功能開始受到廠商青睞，尤其生技廠商，包含葡萄王、中天、景岳等投入此項功能的認證。
三、傳統食品廠商是健康食品認證的主力
目前台灣健康食品的認證仍以傳統食品廠商為大宗，通過認證件數占總通過件數的63%，廠商家數也達整體廠商的43%，其次是生技廠商，至於藥廠的認證比例則偏低。不過，從資料中發現，近年來生技廠商的認證件數逐漸增加，國內藥廠如生達、杏輝等，在2003年後也陸續通過健康食品認證，顯示健康食品認證也逐漸受到生技廠商與製藥廠商的重視。
綜合以上所述，近年來我國健康食品認證件數的成長主要受到免疫調節功能認證大幅增加的帶動。從廠商角度來看，傳統食品廠商面對競爭激烈的食品市場，為了提升競爭門檻，增加產品競爭力，相較於其他領域廠商，更積極投入健康食品認證。
衛生署亦於2007年12月新訂定「魚油健康食品規格標準」與「紅麴健康食品規格標準」，隨著認證項目的開放，展望未來認證件數將會逐漸增加，也會成為生技、製藥廠商持續投入健康食品認證的誘因之一。
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