員工分紅配股一直是科技新貴追求和高科技公司招募人才和留才的利器，目前面臨的挑戰除了最低稅負制的課稅外，還有員工分紅費用化的問題。
自95年1月1日最低稅負制施行之後，員工分紅配股時價與面額差額部分即須納入最低稅負課稅，亦即員工取得公司分紅配股，除獲配股票之面額部分須計入員工之所得額計算繳納所得稅外，時價超過面額的部分還要計入最低稅負稅計算基本稅額。
員工分紅配股在稽徵上又涉及分紅股票可處分日和時價如何認定問題，財政部在《所得基本稅額條例施行細則》也有詳盡的規範，可處分日依股票交付方式分為下列兩類：
1.採帳簿劃撥方式配發股票或新股權利證書者，可處分日為其撥入集保帳戶之日。
2.非採帳簿劃撥方式配發者，可處分日為公司或其代理機構所定可領取股票或新股權利證書之首日。
而時價則依股票是否有公開市場價格區分為三：
1.上市櫃者，依股票可處分日次日之收盤價估定之，可處分日次日無交易價格者，則以可處分日次日後第一個有交易價格日之收盤價估定之。
2.興櫃者，依股票可處分日次日該股票之成交均價估定之，可處分日次日無交易價格者，則以可處分日次日後第一個有交易價格日之成交均價估定之。
3.前兩項以外之股票，依股票可處分日次日之前一年內，最近一期經會計師查核簽證財務報告之每股淨值估定之，若無經會計師查核簽證之財務報告者，按股票可處分日次日該公司資產淨值核算每股淨值估定之。
舉例說明，員工分紅股票如於95年6月5日入集保帳戶，則96年申報時面額的部分申報一般所得稅制，95年6月6日收盤價超過面額的部分就要按申報最低稅負。如果95年度依所得稅法計算出來的一般所得淨額是160萬元，收盤價超過面額的部分是700萬元，則96年5月申報綜合所得稅時要分別計算「一般所得稅」和「最低稅負所得稅」：
一般所得稅：1,600,000×21%－105,100=230,900元
最低稅負制：【(160萬＋700萬)－600萬】×20%=520,000元
最低稅負應繳所得稅520,000元>一般所得稅應繳稅額230,900元，96年度申報所得稅時就要補繳289,100元，也就是總繳所得稅負為520,000元。
高科技產業的員工分紅配股，如果超過最低稅負600萬的扣除額的話，因為最低稅負的實施，實質收入將下降，但分紅配股如果低於600萬，還是不受影響。要留意的反而是員工分紅費用化問題，員工分紅費用化自96年度實施，將增加企業的營運費用，使營業利益、淨利率大幅下滑，對高股價與高比例員工配股的公司，獲利與EPS將出現下降，對股價有不利影響，公司可能會尋求其它留才替代方案，而減少員工分紅配股。
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