經貿營運特區著眼於「兩岸分工，全球運籌」功能，提供比區外、自貿港區、加工出口區更大誘因的投資條件。
優惠條件包括1、開放原禁止大陸進口原物料零組件進入加工，成品只要准許類貨品可補稅內銷；2、特區內進口機器設備免關稅；3、區內外勞與基本工資脫勾，外勞聘僱配額比例提高至40％；4、特區內符合一定資格條件企業享營所稅15％，條件包括創造就業人數、總產值、投資金額等；5、特區對特區（點對點）合作將享受互免關稅優惠；6、廠商興建員工宿舍得出售。
除勞動力、租稅等優惠外，經建會也擬提出建廠補貼構想，降低企業投資成本，例如補助雇用員工薪資或設廠投資補助等；此外，還有土地取得優惠，行政單一窗口服務。建廠補貼構想業者反映有此需求，經建會主委陳添枝也大表贊同。另經濟部這次對營所稅優惠提出資格條件門檻構想，希望減少財政部阻力。
財經官員說，大陸、越南及星港等國家，對產業發展都有「量身訂做」優惠條件，台灣沒有，大三通後，兩岸情勢改變，吸引跨國企業投資條件必要展現大魄力，才能在景氣衰退期過後，具備全球競爭力優勢。
官員說，特區對特區合作需經兩會協商，且非操之在我，除關稅外，其他租稅、勞動力及設廠誘因都必須規劃，特區才足與星港韓等投資環境一爭短長。經濟部曾拜會國內諸多大型企業，規劃構想獲得鴻海郭台銘等企業家大力支持。
經貿營運特區將作為兩岸綜合性經濟合作協議（ECFA）施行前的先行試點，從經貿特區試行再擴及全台，降低產業衝擊。座落地點將考量生活、交通機能完備、具產業群聚效應，台中、屏東加工出口區等中南部地點將優先考量。
經貿營運特區吸引對象包括以產業分工布局的大陸經營有成台商、大陸企業、回台設營運總部海外台商、來台設營運總部跨國企業，及以特區對特區展開兩岸合作企業。
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